Garip anılarla boğuşan Neo'nun hayatı, kendini yeniden Matrix'in içinde bulduğunda beklenmedik bir yola girer.

Filmde, Thomas Anderson içinde bulunduğu gerçekliğin fiziksel mi yoksa yaratılmış bir kurgu mu olduğunu anlayabilmek için bir kez daha beyaz tavşanın peşinden gitmeyi seçer. "Seçim" hikayesinin geri kalanı için de sihiril sözcük olacaktır. Çünkü Thomas'ın yani Neo’nun bildiği bir şey varsa da o da Matrix bir kurgu da olsa ondan çıkmanın veya ona girmenin tek yolunun bu seçim olduğudur. Elbette, Neo zaten Matrix'te yeni değil ama Matrix her zamankinden daha güçlü ve daha tehlikeli.