Tarihin en ünlü maceracı arkeologu Indiana Jones’a babası Dr. Henry Jones tarafından bir günlük gönderilir. Bu günlüğün içerisinde gizemli Kutsal Kase’ye dair bazı ipuçları ve bir harita bulunmaktadır. Özel bir koleksiyoncudan babasının ortadan kaybolduğunu öğrenen Indiana Jones, müze kuruatörü Marcus Brody’i de yanına alarak İtalya’ya babasını aramaya gider. Burada kendilerini buldukları yer ise bir Nazi bölgesidir ve Naziler de Kutsal Kase’nin peşindedir. Babasını kurtarmaya giden Indiana’nın birincil hedefi Kutsal Kase’yi Nazilerden önce ele geçirmek olacaktır.

Film, esrarengiz ve tüyler ürpertici bir keşfe tanıklık eden, Kaliforniyanın iç kesimlerindeki ıssız bir kanyonda yaşayan insanların hikayesini konu ediyor.