Wormwood ailesinin kızı olan Matilda, oldukça zeki bir kızdır. Ailesi onun tam bir baş belası olduğunu düşünse de Matilda’ya göre durum tam tersidir. İnsanları dolandırarak para kazanan Bay ve Bayan Wormwood günlerini televizyon başında pinekleyerek geçirir. Her şeyi kendi başına öğrenebilecek kapasiteye sahip olan Matilda, evde kötü ebeveynleri okulda ise korkunç okul müdürü ile uğraşmak zorunda kalır. Matilda, sınıf arkadaşlarının desteği ve sınırsız hayal gücü ile kaderini değiştirmeye çalışır.

II. Dünya Savaşı sırasında birçok çocuk bombalanmalar nedeniyle memleketlerinden tahliye edilerek çevre şehirlerde yaşayan insanların evine yerleştirilir. Tahliye edilen çocuklara bakanlardan biri de Alice adında bir kadındır. Alice, evine gelen çocuğa bakacağına söz verse de bir süre sonra ondan kurtulmak ister. Ancak çocukla zaman geçirip birbirlerini tanımaya başladıkça Alice, bu ilişkinin geçmişin sırlarını çözmenin anahtarı olduğunu fark eder.