Kaptan Amerika’yı, Yenilmezler ile birlikte New York’ta yaşanan dehşet verici olayların ardından Washington D.C.’de huzur içinde yaşarken ve modern dünyaya uyum sağlamaya çalışırken buluyoruz. S.H.I.E.L.D. üyesi bir arkadaşı saldırıya uğrayınca Steve, dünyayı tehlikeye atan bir entrika ağının içine çekilir. Kara Dul (Black Widow) ile güçlerini birleştiren Kaptan Amerika, kendisini susturmak için gönderilen profesyonel katillerle savaşırken bir yandan da giderek genişleyen bir komployu ortaya çıkarmak için çabalamaktadır. Bu kötü niyetli oyunun foyası meydana çıkınca Kaptan Amerika ve Kara Dul yeni arkadaşları Falcon’dan yardım isterler. Fakat kısa süre sonra kendilerini hiç beklenmedik ve zorlu bir düşmanla; Kış Askeri ile karşı karşıya bulurlar.

Matrixin oluşumundan sorumlu olan makineler Zion şehrinin yerini tespit etmişlerdir. Zion insanların elinde kalan tek şehirdir ve direnmekten başka şansı yoktur.

Matrix üçlemesinin bu son bölümünde Neo bir metro istasyonunda hapsolmuş olarak gözlerini açar. Matrix ile makinelerin dünyası arasında bir alanda sıkışıp kalmıştır.