Federasyon ile Klingonlular arasındaki Soğuk Savaş, dağılmakta olan imparatorluğun liderinin barış çağrısı ile son bulmaya başlar. Amiral Kirk ve ekibi, Klingon hükümdarına barış görüşmeleri sırasında eşlik etmek üzere acil olarak göreve çağrılır.Kahramanlarımız kendilerini siyasi bir suikastin içine çekilmiş bulurlar ve Kirk ile McCoy cinayeti işlemiş görünmektedirler. Klingonlular tarafından yargılanıp buzlarla kaplı bir sürgün gezegenine gönderilen ikili hemen kaçış planlarına başlar. Bütün bunlar olurken, Spock ve ekibin geri kalanı da gerçek suçluyu aramaktadırlar. Ve hiç kuşkusuz, galaksiler arası barışın geleceği bu çabalara bağlıdır.

Rus Kaptan Marko Ramius (Sean Connery), Amerikaya iltica etmeye karar verir ve gemideki KGB subayını öldürerek Amerikaya yönelir.Onu durdurmak isteyen Ruslar, Amerikaya kaptanın kontrolden çıktığını ve füzelerini ateşlemeyi planladığını söylerler. Bunun üzerine CIA ajanı Jack Ryan (Alec Baldwin), geminin kontrolünü ele geçirmek ve kaptana eşlik etmek için denizaltıya biner.