Kral Stefan’ın ölümünün üzerinden beş huzurlu yıl geçmiştir. Malefiz ve Aurora’nın acı ve intikamla başlayan ve nihayetinde sevgiye dönüşen ilişkileri gelişmiştir. Aurora ile Prens Phillip’in evlilik planları ölümlü Ulstead krallığı ile büyülü Moors krallığına sonsuza kadar huzur getirecektir. Ancak eskilere dayanan insanlar ve perileri arasındaki kin bu birleşmenin önünde büyük bir engel olacaktır. Beklenmeyen bir olay bu iki ırk arasındaki savaşı tekrardan alevlendirerek, Malefiz ve Aurora’nın bağlılıklarını test edecek ve gerçekten aile olup olmadıklarını sorgulatacaktır.

Film, Soğuk Savaş döneminde uzay yarışı sürerken bir kez daha hortlayan Nazi tehlikesine karşı mücadele veren ünlü arkeoloğun hikâyesini anlatıyor. Yıl 1969 ve Indiana Jones işi bırakmaya karar vermiştir. New Yorktaki Hunter Collegeda on yıldan fazla bir süredir ders veren saygın arkeoloji profesörü, bugünlerde tek başına yaşadığı mütevazı dairesine çekilmeye hazırlanmaktadır. Arasının açık olduğu vaftiz kızı Helena Shawın babasının yıllar önce Indyye emanet ettiği nadir bir eseri, zamandaki çatlakları bulma gücüne sahip olduğu iddia edilen meşhur Arşimet Kadranını aramak için yaptığı sürpriz ziyaretle işler değişir.