Labirent (Maze Runner) serisinin 2. filminde kahramanlarımızı çok daha zorlu bir mücadele bekliyor. Labirentten kaçan Thomas ve arkadaşları, bütün bunların sebebini anlamaya ve İSYAN (WCKD) örgütünün gizemini çözmeye çalışırken kendilerini bir anda Alev (Scorch) adında, akla hayale sığmaz engellerle dolu bir yerde bulurlar. Burada onları yok etmek isteyen büyük güce karşı tüm yeteneklerini sergilemek zorunda kalacaklardır.

Thomas bir anda uyanır ve yukarı doğru hareket halindeki bir asansörde olduğunu fark eder. Asansörün kapıları açılır ve karşısında kendi yaşlarında bir grup genci görür. Koloni gibi görünen bu grup onu bir kayranda karşılamıştır. Devasa büyüklükteki duvarlarla çevrelenen bu geniş alanda Thomas ne kendisini, ne ailesini ne de geçmişini hatırlayamaz. Dahası karşısındaki “Kayranlılar” da tıpkı kendisi gibi buraya nasıl ve neden getirildiklerini bilmemektedirler. Tek bildikleri şey ise her sabah labirente gidilen dev bir kapının açıldığıdır. Güneş batarken ise her akşam kapı kapanır. Üstelik her 30 günde bir asansörle gruba yeni bir genç gelmektedir. Thomas’ın ardındansa beklenmedik bir şekilde, bir hafta sonra asansör labirente Teresa adında bir genç kızı bırakır. Thomas şimdi hem kayran sakinlerinin hem de geçmişte bir yerlerden hatırladığı bu labirentin sırrını çözmeye çalışacaktır.