Ay’ın Karanlık Yüzü filminin konusu insanoğlunun yaptığı bir hata sonrası dünyanın tarihinin en büyük savaşına tanık olması anlatılıyor. Ay’a yapılan yolculuk sonra ayda bulunan bir Decepticon’u canlandıran insanoğlu kendini yine Decepticonlar ile bir savaşın içinde bulur. Transformers serisinin her filminde Decepticonlar biraz daha güçlü olarak karşımıza çıkıyor. Buna karşı seri ilerledikçe de Optimus Prime’ın aslında ne kadar güçlü olduğu ortaya çıkıyor. Fakat serinin 3. filminde Decepticonlar insan hayalini zorlayacak düzeye çıkartılmış diyebiliriz.

Thomas bir anda uyanır ve yukarı doğru hareket halindeki bir asansörde olduğunu fark eder. Asansörün kapıları açılır ve karşısında kendi yaşlarında bir grup genci görür. Koloni gibi görünen bu grup onu bir kayranda karşılamıştır. Devasa büyüklükteki duvarlarla çevrelenen bu geniş alanda Thomas ne kendisini, ne ailesini ne de geçmişini hatırlayamaz. Dahası karşısındaki “Kayranlılar” da tıpkı kendisi gibi buraya nasıl ve neden getirildiklerini bilmemektedirler. Tek bildikleri şey ise her sabah labirente gidilen dev bir kapının açıldığıdır. Güneş batarken ise her akşam kapı kapanır. Üstelik her 30 günde bir asansörle gruba yeni bir genç gelmektedir. Thomas’ın ardındansa beklenmedik bir şekilde, bir hafta sonra asansör labirente Teresa adında bir genç kızı bırakır. Thomas şimdi hem kayran sakinlerinin hem de geçmişte bir yerlerden hatırladığı bu labirentin sırrını çözmeye çalışacaktır.