1927 yılında, Fantastik Canavarlar Nelerdir, Nerede Bulunurlar? filmindeki olayların üzerinden birkaç ay geçmişken Gellert Grindelwald hapisten kaçar ve büyücüleri büyü yeteneği olmayan her şeyin üstüne çıkarmak için yandaş toplamaya başlar. Onu durdurabilecek tek kişi, bir zamanlar en yakın arkadaşı olarak gördüğü büyücü Albus Dumbledoredur. Ancak Dumbledoreun, daha önce Grindelwalda engel olan eski öğrencisi Newt Scamanderdan yardım alması gerekecektir. Bu macera Newt ile Amerikalı dostları Tina, Queenie ve Jacobı yeniden bir araya getirir fakat Newtun görevi, giderek tehlikeli ve bölünmüş bir hâl alan büyücülük dünyasında yeni tehlikelerle karşılaşacak olan dostlarının bağlılıklarını test edecektir.

Evan Lake (Nicolas Cage) zorla emekli edilmek üzere olan bir CIA ajanıdır. Lakein yardımcısı Milton Schultz (Anton Yelchin) bu sırada Lakein amansız düşmanı Banirin (Alexander Karim) tekrar ortaya çıktığını keşfeder. Lake düşmanını alt etmek için canını dişini takacaktır.