Film, Soğuk Savaş döneminde uzay yarışı sürerken bir kez daha hortlayan Nazi tehlikesine karşı mücadele veren ünlü arkeoloğun hikâyesini anlatıyor. Yıl 1969 ve Indiana Jones işi bırakmaya karar vermiştir. New Yorktaki Hunter Collegeda on yıldan fazla bir süredir ders veren saygın arkeoloji profesörü, bugünlerde tek başına yaşadığı mütevazı dairesine çekilmeye hazırlanmaktadır. Arasının açık olduğu vaftiz kızı Helena Shawın babasının yıllar önce Indyye emanet ettiği nadir bir eseri, zamandaki çatlakları bulma gücüne sahip olduğu iddia edilen meşhur Arşimet Kadranını aramak için yaptığı sürpriz ziyaretle işler değişir.

İlk filmde yaşanan facianın ardından, Claire’in (Bryce Dallas Howard) parkı yönetirken birer market ürünü gibi gördüğü dinozorlara olan bakış açısı değişir ve “Dinozor Koruma Grubu” isimli bir organizasyon kurar… Amacı; aktif bir yanardağın harekete geçtiği adada yaşayan dinozorları adadan çıkarmanın bir yolunu bulmaktır… Claire, bu tehlikeli ve zor görevi yerine getirebilmek için de dinozorlara karşı baskınlığını kanıtlamış olan tanıdığı tek kişiden, Owen Grady (Chris Pratt)den yardım ister… İkilinin bir kurtarma görevi amacıyla gittikleri adada ise her şey sarpa saracaktır…

Büyü-hayvanbilimci Newt Scamander 1926 yılında, uzun süredir emek verdiği, dünyanın her yerinden farklı özellikleri olan büyülü canavarları bularak bunları çantasına toplayıp varlıklarını kanıtlamıştır. New Yorka yaptığı kısa süreli ziyaret esnasında yanlışlıkla başka birinin çantasını alır ve bu çok güçlü canavarlardan bazıları serbest kalır. Newt burada kalarak canavarları yakalamak, cadı ve büyücüleri öldüren güçlerle savaşmak durumunda kalacaktır.

Molly babası Leo’nun kaotik zihin hali ile mücadele etmektedir. İkili New York’ta dolaşırken, Leo’nun hayal gücü onu yaşayabileceği hayatların etrafında düşüncelere dalar. Bu durum Molly’yi kendi hayatını gözden geçirme ve geleceğini düşünmeye iter.