Anna ve Rembrandt, gizemli bir geçmişe sahip olan dünyanın en önde gelen suikastçılarından ikisidir. Yıllarca iki suikastçı yüksek profilli sözleşmeler için rekabet eder. Ancak Anna’nın akıl hocası olan Moody’nin öldürülmesi, işlerin karışmasına neden olur. Bunun üzerine iki rakip, Moody’nin katilini bulmak ve onun intikamını akmak için ittifak kurar.

Lincoln Six Eco (Ewan McGregor) ve Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) görünüşe göre ütopik ama dışa kapalı bir tesiste yaşamaktadırlar.Dikkatle kontrol edilen bu ortamın tüm diğer sakinleri gibi, onlar da 'Ada' ya gönderilmek için seçilmeyi umutluyorlardır; söylentiye göre burası gezegendeki son kirletilmemiş bölgedir.Ama aslında kendilerinin birer klon olduklarını ve ölmeleri yaşamlarından daha değerli olduğunu keşfettiklerinde cüretkar bir kaçış planlarlar.Bilmedikleri bir ortamda, bir zamanlar yuvaları olan kurumun sinsi güçleri tarafından amansızca takip edilen Lincoln ve Jordan, Ada hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmak ve geride kalanları kurtarmak için hayatlarını riske atarlar.