Genç bir kadın olan Brenner Baker, Özel Kuvvetlerde çalışmaktadır. Kocasıyla tatile çıkan Brenner, bir kamp alanına gider. Yürüyüşe çıkan çift, yağmur yağınca kendilerine sığınacak bir yer arar. Sığınmak için girdikleri yer ise bir uyuşturucu çetesinin deposu olur. Bu durum kartelin çiftin peşine düşmesine neden olur. Çete, sığınağın yerini öğrendiği için Brennerın kocasını öldürür. Brennerın da öldüğünü düşünen çete üyeleri ikisini bir çukura atar. Ancak Brenner ölmemiştir ve yaşananların intikamını almak için çetenin peşine düşer.

Garip anılarla boğuşan Neo'nun hayatı, kendini yeniden Matrix'in içinde bulduğunda beklenmedik bir yola girer.Filmde, Thomas Anderson içinde bulunduğu gerçekliğin fiziksel mi yoksa yaratılmış bir kurgu mu olduğunu anlayabilmek için bir kez daha beyaz tavşanın peşinden gitmeyi seçer. "Seçim" hikayesinin geri kalanı için de sihiril sözcük olacaktır. Çünkü Thomas'ın yani Neo’nun bildiği bir şey varsa da o da Matrix bir kurgu da olsa ondan çıkmanın veya ona girmenin tek yolunun bu seçim olduğudur. Elbette, Neo zaten Matrix'te yeni değil ama Matrix her zamankinden daha güçlü ve daha tehlikeli.

Canavar Kıyametinden 7 yıl sonra Joel Dawson insanlardan geriye ne kaldıysa diğerleriyle birlikte yaşam savaşı veriyordur. Dünyanın kontrolünü canavarların ele geçirmesinden beri Joel, yeraltı dünyasında yaşıyordur. Lisedeki kız arkadaşı Aimee ile şans eseri radyo frekansları sayesinde yeniden karşılaşır. Aimeenin 80 mil ötede bir koloniyle birlikte yaşadığını öğrenir. Joel, Aimeeye yeniden aşık olacaktır. Bu sırada tüm canavarlara rağmen Aimeenin yanına gitmeye karar verir.