Film, 1943 yılında iki istihbarat ajanının, müttefiklerin planladıkları saldırıyı dezenformasyon yöntemiyle önlemeye çalıştıkları absürt savaş stratejisini anlatıyor.

16. doğumgününün sabahında annesinin ortadan kaybolduğunu gören Enola, ağabeyleri Sherlock ve Mycroft’tan yardım ister. Ancak kardeşler onu ciddiye almaz ve yatılı okula göndermeyi planlar. Enola meseleyi kendi eline alır ve annesine ne olduğunu öğrenmek için Londra’ya gider.

Büyü-hayvanbilimci Newt Scamander 1926 yılında, uzun süredir emek verdiği, dünyanın her yerinden farklı özellikleri olan büyülü canavarları bularak bunları çantasına toplayıp varlıklarını kanıtlamıştır. New Yorka yaptığı kısa süreli ziyaret esnasında yanlışlıkla başka birinin çantasını alır ve bu çok güçlü canavarlardan bazıları serbest kalır. Newt burada kalarak canavarları yakalamak, cadı ve büyücüleri öldüren güçlerle savaşmak durumunda kalacaktır.

Sakin ve ağırbaşlı bir adam olan Joseph, Londra'da mütevazı bir yaşam sürmektedir. Zamanını tek başına yaşadığı dairesi ve güvenlik ekibinin bir parçası olduğu havaalanı arasında gidip geçirir. Doğum gününü iş arkadaşlarının unutması, ailesinin de özensizce kutlamasının ardından Joseph büyük bir kırılma yaşar. Bu durumun ardından Joseph, özgürleşmesini sağlayacak bir yolculuğa çıkar.