Bölge Başsavcısı Harvey Dentin ölümünün ardından Batman, savcının itibarının zedelenmemesi için Dentin işlediği suçlardaki sorumluluğunu üstlenmiştir ve bundan dolayı Gotham Polis Teşkilatı tarafından aranmaktadır. 8 yıl sonra Batman, gizemli kadın Selina Kyle ve Gotham polislerini köşeye sıkıştıran yeni suç örgütü lideri acımasız Bane ile karşılaşmıştır. Kara Şövalye, kendisini düşman olarak gören şehrini korumak için bir kez daha ortaya çıkmıştır.

Lincoln Six Eco (Ewan McGregor) ve Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) görünüşe göre ütopik ama dışa kapalı bir tesiste yaşamaktadırlar.Dikkatle kontrol edilen bu ortamın tüm diğer sakinleri gibi, onlar da 'Ada' ya gönderilmek için seçilmeyi umutluyorlardır; söylentiye göre burası gezegendeki son kirletilmemiş bölgedir.Ama aslında kendilerinin birer klon olduklarını ve ölmeleri yaşamlarından daha değerli olduğunu keşfettiklerinde cüretkar bir kaçış planlarlar.Bilmedikleri bir ortamda, bir zamanlar yuvaları olan kurumun sinsi güçleri tarafından amansızca takip edilen Lincoln ve Jordan, Ada hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmak ve geride kalanları kurtarmak için hayatlarını riske atarlar.