Film, Soğuk Savaş döneminde uzay yarışı sürerken bir kez daha hortlayan Nazi tehlikesine karşı mücadele veren ünlü arkeoloğun hikâyesini anlatıyor. Yıl 1969 ve Indiana Jones işi bırakmaya karar vermiştir. New Yorktaki Hunter Collegeda on yıldan fazla bir süredir ders veren saygın arkeoloji profesörü, bugünlerde tek başına yaşadığı mütevazı dairesine çekilmeye hazırlanmaktadır. Arasının açık olduğu vaftiz kızı Helena Shawın babasının yıllar önce Indyye emanet ettiği nadir bir eseri, zamandaki çatlakları bulma gücüne sahip olduğu iddia edilen meşhur Arşimet Kadranını aramak için yaptığı sürpriz ziyaretle işler değişir.

Tehlikeli bir bilgisayar korsanını takip etmekte olan CIA ajanı Bill Pope, gizemli bir şekilde öldürülür. Korsanın yeriyle ilgili çok önemli bilgilere sahip ajanın bütün yetenekleri ve hafızası, deneysel bir yöntem aracılığıyla tehlikeli bir suçlu olan Jericho Stewarta aktarılır. Ancak ajanın özel anıları da işin içine girince Stewartın karakteri yavaş yavaş değişime uğramaya başlar.