Sezar ve onun liderliğindeki maymunlar, acımasız Albayın yönettiği insan ordusuyla büyük bir çatışmaya zorlanır. Maymunların hayal edilemez kayıplarından sonra Sezar, karanlık içgüdülerine yenik düşer ve türünün intikamını almak için kendi efsanevi macerasına başlar. Yolculuk onları en sonunda yüz yüze getirdiğinde; Sezar ve Albay, türlerinin ve gezegenin kaderini belirleyecek epik bir savaşta birbirlerine karşı savaşırlar.

Bilim adamı Will Rodman, babasını yavaşça tüketen Alzheimer için bir tedavi bulmaya kararlıdır. Will, sonuca yakın olduğunu olduğunu hissettiği için en son serumunu maymunlar üzerinde test etmeye karar verir. Test sonucunda maymun deneklerde zeka ve beyin aktivitesinde - özellikle de evcil hayvan şempanzesi Caesarda çarpıcı artışlar fark eder.

1999da Japonya’da ki Janjira nükleer santrali, gözetmen Joe Brodynin meslektaşı ve eşi Sandra da dahil olmak üzere çoğu personeli ile gizemli bir şekilde yıkılır. Yıllardır olayın neden olduğunu saplantılı bir biçimde araştıran Joe, ABD Deniz Kuvvetlerinde görevli olan oğlu Ford’u kendisine yardım etmesi için Japonya’ya çağırır. Babasının yanına giden Ford babası ile birlikte enkazın temelindeki felaketin gizli nedenini keşfeder. Bu keşif onların insanlık için korkunç bir tehdidin yeniden uyanmasına tanık olmalarını sağlar. Modern dünyanın ilk kez karşılaştığı bu kadim yaratıklardan bir tanesi belki de insanlığın kurtuluşu olacaktır.