2525’de insanoğlu uzayda kolonileşmeye başlamıştır. Bir grup askeri öğrenci insan isyancılara karşı savaşmak için eğitilmektedir. Bu öğrencilerden biri olan Thomas Laskey’in bir asker olarak yeteneklerinden ve savaşla ilgili görüşlerinden şüphe eder. Kendisiyle bir iç mücadele yaşarken, gezegen bilinmeyen bir uzaylı ırkı tarafından istila edilir. Saldırı esnasında sendeleyen Laskey ve ekip arkadaşları efsanevi SPARTAN-II süper askerlerinden biri olan John-117 tarafından kurtarılıyor. John, Laskey’e bir asker olarak sahip olduğu potansiyeli gerçekleştirmesini ve bir lider olarak insanlığın şimdiye kadar hiç karşılaşmadığı kadar tehlikeli olan bir düşmana karşı savaşmasını sağlamak zorundadır...

1999da Japonya’da ki Janjira nükleer santrali, gözetmen Joe Brodynin meslektaşı ve eşi Sandra da dahil olmak üzere çoğu personeli ile gizemli bir şekilde yıkılır. Yıllardır olayın neden olduğunu saplantılı bir biçimde araştıran Joe, ABD Deniz Kuvvetlerinde görevli olan oğlu Ford’u kendisine yardım etmesi için Japonya’ya çağırır. Babasının yanına giden Ford babası ile birlikte enkazın temelindeki felaketin gizli nedenini keşfeder. Bu keşif onların insanlık için korkunç bir tehdidin yeniden uyanmasına tanık olmalarını sağlar. Modern dünyanın ilk kez karşılaştığı bu kadim yaratıklardan bir tanesi belki de insanlığın kurtuluşu olacaktır.