Godzilla vs Kong, canavarların düyada dolaştığı, insanlığın gelecekleri için mücadele ettiği bir zamanda, doğanın en güçlü ikilisi olan Godzilla ve Kong, daha önce hiç görülmemiş bir savaşta çarpışmasını konu ediyor. Godzilla saldırılarına başlayıp, önüne çıkar her şeyi yerle bir ettiğinde, hükümet onu durdurmak için başka bir efsaneye yönelir; King Kong. İki canavar üstünlük için karşı karşıya geldiğinde, insanlık büyük bir tehlikenin ortasında kalır. Bu sırada bir komplo, hem iyi hem de kötü tüm yaratıkları sonsuza dek yeryüzünden silmekle tehdit eder.

Canavar Kıyametinden 7 yıl sonra Joel Dawson insanlardan geriye ne kaldıysa diğerleriyle birlikte yaşam savaşı veriyordur. Dünyanın kontrolünü canavarların ele geçirmesinden beri Joel, yeraltı dünyasında yaşıyordur. Lisedeki kız arkadaşı Aimee ile şans eseri radyo frekansları sayesinde yeniden karşılaşır. Aimeenin 80 mil ötede bir koloniyle birlikte yaşadığını öğrenir. Joel, Aimeeye yeniden aşık olacaktır. Bu sırada tüm canavarlara rağmen Aimeenin yanına gitmeye karar verir.