Film, Soğuk Savaş döneminde uzay yarışı sürerken bir kez daha hortlayan Nazi tehlikesine karşı mücadele veren ünlü arkeoloğun hikâyesini anlatıyor. Yıl 1969 ve Indiana Jones işi bırakmaya karar vermiştir. New Yorktaki Hunter Collegeda on yıldan fazla bir süredir ders veren saygın arkeoloji profesörü, bugünlerde tek başına yaşadığı mütevazı dairesine çekilmeye hazırlanmaktadır. Arasının açık olduğu vaftiz kızı Helena Shawın babasının yıllar önce Indyye emanet ettiği nadir bir eseri, zamandaki çatlakları bulma gücüne sahip olduğu iddia edilen meşhur Arşimet Kadranını aramak için yaptığı sürpriz ziyaretle işler değişir.

Tarihin en ünlü maceracı arkeologu Indiana Jones’a babası Dr. Henry Jones tarafından bir günlük gönderilir. Bu günlüğün içerisinde gizemli Kutsal Kase’ye dair bazı ipuçları ve bir harita bulunmaktadır. Özel bir koleksiyoncudan babasının ortadan kaybolduğunu öğrenen Indiana Jones, müze kuruatörü Marcus Brody’i de yanına alarak İtalya’ya babasını aramaya gider. Burada kendilerini buldukları yer ise bir Nazi bölgesidir ve Naziler de Kutsal Kase’nin peşindedir. Babasını kurtarmaya giden Indiana’nın birincil hedefi Kutsal Kase’yi Nazilerden önce ele geçirmek olacaktır.

Amerikan Hükümeti Ark of the Conenant’ı bulması için Arkeolog Dr. Indiana Jonesu görevlendirir. Ark’ta ünlü 10 Emir’in varolduğuna ve kutsal güçler olduğuna inanılmaktadır. Üstelik Hitler’in ajanları da Ark’ın peşindedirler. Jones, eski aşkı Marion’la birlikte Nepal’den Kahire’ye kadar tuzak ve tehlikeyle dolu bir maceraya atılır.

James Bond, Rusyadan kaçmaya çalışan bir Rus generale yardım ederken, onu öldürmeye çalışan güzel bir çellocu görür. Generalin kaçışı farkedilip tekrar ele geçirilince, Bond bu kez çellocunun peşine düşer. Viyanadan Fasa kadar süren maceraları, Afganistanda gizemin çözülmesiyle sona erecektir.