Ay’ın Karanlık Yüzü filminin konusu insanoğlunun yaptığı bir hata sonrası dünyanın tarihinin en büyük savaşına tanık olması anlatılıyor. Ay’a yapılan yolculuk sonra ayda bulunan bir Decepticon’u canlandıran insanoğlu kendini yine Decepticonlar ile bir savaşın içinde bulur. Transformers serisinin her filminde Decepticonlar biraz daha güçlü olarak karşımıza çıkıyor. Buna karşı seri ilerledikçe de Optimus Prime’ın aslında ne kadar güçlü olduğu ortaya çıkıyor. Fakat serinin 3. filminde Decepticonlar insan hayalini zorlayacak düzeye çıkartılmış diyebiliriz.

Sam Witwicky, Transformers’ın kökenleri ve dünya üzerindeki tarihçesi konusunda yeni detaylar keşfeder. Topladığı bilgiyi ele geçirmek isteyen şeytani ruhlu Deceptionlar onun peşindedir. En büyük mücadele, Mısır’daki Giza piramitlerinde gerçekleşecektir. Çünkü aranan tapınak bu bölgededir.

Cybertron gezegeni başka mekanizmalara kolayca dönüşebilme yeteneğine sahip olan robotların gezegenidir. Bu robotlara Transform denir. Her Transformer’in kendine özgü bir dönüşerek değişme şekli vardır.Transformer’lar iki farklı kampa bölünmüşlerdir. Bir tarafta kısaca Autobotlar denen iyi robotlar vardır. Diğer tarafta ise şeytani ruhlu ve kötü niyetli Decepticonlar vardır. Cybertron gezegeninde Energon Küpleri adı verilen yakıt stoklarının azalması üzerine her iki taraf yeni kaynak arayışıyla uzay yolculuğuna başlar. Yeni enerji kaynağı arayışları onları ihtiyaç duydukları mineraller ve kimyasallar açısından çok zengin olan dünya gezegenine getirecektir.