Midway, 1942 yılında Pearl Harborda yaşanan saldırıdan 6 ay sonra gerçekleşen ve 4 gün süren Amerikan Donanması ile Japon İmparatorluk Donanması arasındaki Midway Muharebesini anlatıyor. Film, II. Dünya Savaşı’nın Pasifik Cephesi’ndeki savaşın seyrini değiştiren bu muharebeyi; içgüdüleri, dayanıklılıkları ve cesaretleriyle kahramanca bir mücadele veren liderlerin ve askerlerin gerçek hikayeleri üzerinden anlatmaktadır.

1999da Japonya’da ki Janjira nükleer santrali, gözetmen Joe Brodynin meslektaşı ve eşi Sandra da dahil olmak üzere çoğu personeli ile gizemli bir şekilde yıkılır. Yıllardır olayın neden olduğunu saplantılı bir biçimde araştıran Joe, ABD Deniz Kuvvetlerinde görevli olan oğlu Ford’u kendisine yardım etmesi için Japonya’ya çağırır. Babasının yanına giden Ford babası ile birlikte enkazın temelindeki felaketin gizli nedenini keşfeder. Bu keşif onların insanlık için korkunç bir tehdidin yeniden uyanmasına tanık olmalarını sağlar. Modern dünyanın ilk kez karşılaştığı bu kadim yaratıklardan bir tanesi belki de insanlığın kurtuluşu olacaktır.