Amiral Kirk ve ekibi amansız düşman Khanı sonunda yoketmeyi başarmıştır ama bu uğurda Mr Spock hayatını feda etmiş ve Doktor McCoy çaresiz bir hastalığa yakalanmıştır.Yıldızgemisi Atılgan, Spockın cesedini almak üzere son bir kez Genesis gezegenine doğru yola çıkar. Ancak gözüpek mürettebatı bu kez hiç ummadıkları bir mücadele beklemektedir.

Genetik olarak bir superman gibi geliştirilmiş olan Khan megalomanyak ve tehlikeli bir suçlu olduğundan yıllar önce ıssız Ceti Alpha 5 gezegenine sürülmüştür. Oğlunun ölümü ve kendi bahtsız kaderinden ötürü Kaptan Kirkü suçlamakta ve intikam hisleriyle yanıp tutuşmaktadır.Komutan Chekov yanlışlıkla Khanın olduğu yere ışınlanınca, bu tehlikeli düşman sonunda aradığı fırsatı bulur. Kurbanlarının beynini kontrol etmeye yarayan parazimsi bir yaratığı kullanan Khan Yıldızgemisi Reliantı ele geçirmeyi başarır. Gemiyi ve bir araştırma projesinden yağmaladığı ekipmanı kullanarak Kirkü yoketmeyi planlamaktadır. Genesis Effect isimli projenin asıl amacı sıfırdan bir gezegende canlı yaşamını başlatmaktır. Ancak ekipmanın yeni dünyalar yaratmaya vakıf olan kudreti, aynı zamanda varolanları yoketmeye de imkan tanımaktadır.Kirk ve ekibi bir kez daha tüm güçleri ve cesaretleriyle arkadaşlarını kurtarmak ve Khanı sonsuza dek susturmak zorundadırlar.