Transformers: Canavarların Yükselişi, Otobotlarla Decepticon’lar arasındaki savaşa yeni dahil olan Predacon, Terrorconlar ve Maximal'ın maceralarını konu ediyor. Brooklyn'li kurnaz genç bir adam olan Noah ve gelecek vadeden arkeolog Elena, onları dünyanın dört bir yanına götürecek bir maceraya atılır. Onlar, Optimus Prime ve Otobotlar ile birlikte, Scourge adında evreni yok etmeye kararlı korkunç yeni bir düşmanla karşı karşıya kalırken çatışmanın içine çekilirler. Otobotlarla Decepticon’lar arasındaki savaşa bu kez Transformers dünyasına dahil olan Predacon, Maximal ve Terrorconlar da katılır.

Denizden Kaiju adı verilen yaratıklar yükselmeye başlayınca, milyonlarca insanın canına mal olacak ve insan kaynaklarını tüketen bir savaş başlar. Bu devasa Kaijular ile savaşabilmek için özel bir silah üretilir. Jaeger adı verilen büyük robotlar akılları nöral bir köprüde kitlenmiş iki pilot tarafından beyin gücüyle yönetilir. Ama Jaegerlar bile acımasız Kaijuların yanında savunmasız kalırlar. Yenilmenin eşiğindeki insanoğlunun son çaresi eski pilot ve deneyimsiz stajer dir. Birlikte, kıyamete karşı insanlığın son umudu olacaklardır.