“Pandora’nın Kutusu”, bir gün kaybolduğunu öğrendikleri yaşlı annelerinin yaşadığı küçük bir Batı Karadeniz kasabasına doğru yola çıkan üç kardeşin öyküsünü anlatıyor. Yolculukla beraber kendi sorunları ve aralarındaki gerginlik de ortaya çıkan üç kardeş, Alzheimer olduğunu öğrendikleri annelerinin yanlarındaki varlığıyla kendi hayatlarını sorgulamaya başlıyorlar. Pandora’nın Kutusu yavaş yavaş açılırken anneanne ve torunu arasında filizlenen yakınlık filmin sürprizli finalini hazırlıyor.

Alternatif kitaplar basan bir yayınevinin sahibi olan Kaan ile Kadıköy’de bar işleten, çok sıkı bir plak ve efemera koleksiyoneri olan Mete, 90’lı yılların ikinci yarısında, sanki bir yerde oturmuş konuşuyorlarmış ve kimsenin bundan haberi yokmuş gibi bir radyo programı yapmaya başlarlar. Yaptıkları program zaman içinde hem onların hem de dinleyenlerin hayatını değiştirecektir.

Emine (N. Yeşilçay), şehrin varlıklı ailelerinin oğullarını evliliğe hazırlayan bir eğreti gelindir. Bir süre önce başı belaya girmiş ve Hasan adlı bir faytoncu onu kollamak için birini bıçaklayıp hapse düşmüştür. Çıkınca Emineyi alıp uzak bir kente gitmek ve orada yeni bir hayata başlamak istediği haberini göndermiştir kadına. Emine kesin bir cevap vermemiştir ama görüş günleri adama yiyecek, tütün vb. götürmektedir. Ali (O. Ünsal), Belediye resinin oğludur. Evlenmesi ve aile işine sahip çıkması beklenmektedir. Oysa onun merakı kuklalar ve tiyatro gibi uğraşılardır. Aklı dünyayı dolaşmaktır. Büyüyüp olgunlaşmamıştır. Ailesi ona Emineyi eğreti gelin getirmeye karar verir. Emine, Hasanın erken salıverilmesi ve alacağı para karşılığı bu teklifi kabul eder. Böylece Hasanın teklifini de kabul etmiş olur. Ali bütün bu tasarılardan haberlidir ve kendini kıstırılmış, kuklaya çevirilmiş hisseder.

Sıradan bir devlet ajansında çalışan sözlük düzenleme memurları, belirgin olmayan kelimelerin anlamlarını oylarla belirlerken işe yeni başlayan ve sorgulayıcı bir kişiliğe sahip olan elemanın tavrı nedeniyle rutinlerinden çıkarlar.

Biri kadın, biri erkek iki yolcu, geride bıraktıkları savaş ve kıtlığın yorgunluğuyla ve uzun, zor bir yolculuğun sonunda cennetlerini ararken, büyük bir sır saklayan, suç ortağı iki kardeşin dünyasında bulurlar kendilerini.