Tam sekiz yıl önce John Hammond,65 milyon yıl öncesi, dinazorların yaşadığı çağa ait sivrisinek fosilerinden alınan kan örnekleri sayesinde, DNA moleküllerinden yaratılan ve genetik mühendisliğin ürünü olan dinazorların özgürce dolaşmasını sağlayan Jurassic Park projesini hayata geçirmişti. Sekiz yıl sonra ise, Isa Sorna adası dışında bir başka ada da bilimsel çalışmalar yapılmış ve burada bazı yeni türlerde de dinazorlar üretilmiştir. Büyük bir Jurassic Park deneyimi yaşamış olan Paleog Dr. Allen Grant,dinazor kemikleri üzerinde yaptığı araştırmalarına devam etmektedir.Bir gün kapısını çok zengin olduklarını söyleyen bir karı-koca çalar. Çift, Grant'e Jurassic Park tesisine uçakla bir tur düzenlemek istediklerini ve kendisinin onlara eşlik etmesini isterler.Allen başta isteksiz görünse de teklifi güzel bir ücret karşılığında kabul eder. Ancak işler istedikleri gibi gitmeyecek ve kandırıldığını öğrenecektir.

Matrixin oluşumundan sorumlu olan makineler Zion şehrinin yerini tespit etmişlerdir. Zion insanların elinde kalan tek şehirdir ve direnmekten başka şansı yoktur.

Matrix üçlemesinin bu son bölümünde Neo bir metro istasyonunda hapsolmuş olarak gözlerini açar. Matrix ile makinelerin dünyası arasında bir alanda sıkışıp kalmıştır.