1990lı yıllarda geçen Captain Marvel filmi, Carol Danversın evrenin en güçlü kahramanlarından birine dönüşme serüvenini anlatan Marvel Sinematik Evreninin daha önce görülmemiş döneminden bir macera. İki uzaylı ırk arasındaki galaktik savaş dünyaya kadar uzanınca, Danvers kendini ve küçük bir gruptan oluşan müttefiklerini bir girdabın tam ortasında bulur.

Denizden Kaiju adı verilen yaratıklar yükselmeye başlayınca, milyonlarca insanın canına mal olacak ve insan kaynaklarını tüketen bir savaş başlar. Bu devasa Kaijular ile savaşabilmek için özel bir silah üretilir. Jaeger adı verilen büyük robotlar akılları nöral bir köprüde kitlenmiş iki pilot tarafından beyin gücüyle yönetilir. Ama Jaegerlar bile acımasız Kaijuların yanında savunmasız kalırlar. Yenilmenin eşiğindeki insanoğlunun son çaresi eski pilot ve deneyimsiz stajer dir. Birlikte, kıyamete karşı insanlığın son umudu olacaklardır.

Ork savaşçılarının ülkeleri yok olmuştur ve hayatta kalanlar yeni bir koloni oluşturmak amacıyla, Azeroth krallığının eteklerine gelirler. Azeroth krallığı barışçıl ortamdan yana olsa da eşikteki bu savaş kaçınılmazdır. İki dünyayı birleştiren kapı açıldığında, bir ordu yıkım bekler, diğeri de yok olma ihtimaliyle karşı karşıyadır. Bu karşıt gruplardan iki kahraman, ailelerinin, halklarının ve ülkelerinin kaderini belirleyecek bir çatışma yoluna girerler.

CIA ajanı Court Gentry, sessiz ve profesyonel suikastleriyle yaşayan bir efsaneye dönüşmek üzeredir, ancak üstleri tarafından verilen bir kararla avlayandan avlanana dönüşür. Court Gentrynin kendine kurulan komployu açığa çıkarması ise çok uzun sürmeyecektir. Her şeye rağmen müşterisinin hayatını kurtarmaya çalışan Gentry, eş zamanlı olarak kendi ailesinin emniyette olmasını da sağlamak zorundadır.