Uluslararası bir deniz altı gözlem programının parçası olan derin deniz sualtısı, soyunun çoktan tükenmiş olduğu düşünülen büyük bir yaratık tarafından saldırıya uğrar. Hasar gören denizaltı, mürettebatı içeride kapana kısılmış bir halde, Pasifik Okyanusunun en derin yerinde durmaktadır. Vizyoner Çin okyanus bilimcisi, kızı Suyinin gönülsüzlüğüne rağmen, mürettebatı kurtarması için uzman derin deniz kurtarma dalgıcı Jonas Taylorı tutar. Taylor sualtının çevresinde süzülen bu canavarla daha önce de karşılaşmıştır; tarih öncesinden kalan ve iki buçuk milyar yıl önce soyunun tükendiği zannedilen, 23 metrelik bir Megalodon.

1970li yıllarda bir grup bilim insanı ve asker, Amerikan hükümetinin desteklediği bir keşif gezisi için Pasifikte insan eli değmemiş, efsanevi bir adaya çıkar. Bu cennet gibi adada devasa bir yaratığın bölgesine girdiklerini ise çok geç fark edeceklerdir. Keşif görevleri hayatta kalma savaşına dönüşürken, insanoğlunun ait olmadığı bu ilkel cennette hayatta kalmaya çalışacaklardır.

Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.