Film, 1940’lı yıllarda geçiyor ve resmi olarak 2. Dünya Savaşına girmese bile dolaylı olarak derinden etkilenen Anadolu’nun insanlarına odaklanıyor. Hikaye, Anadolunun çeşitli yerlerinde kurulan ve cehaletten kurtulmuş bir nesil yetiştirmeyi amaç edinen köy enstitülerinden birinde geçiyor ve bu yıllarda küçük bir köyde yaşayan genç bir kızın, tüm zorluklara rağmen eğitimine devam etme azmine tanık oluyoruz. Ancak okumaya çalışan bir grup öğrenci ve kendilerini eğitime adayan öğretmenlerinin bu hedefi, çevre halkının şiddete kadar varan itirazlarına neden olacaktır.

11 Haziran 2014’te binlerce kişilik DEAŞ gücü, Irak’ın Musul kentine saldırdı. Bu saldırı sonrası yerel güvenlik güçleri direnmeden şehri terk etti ve bütün Musul DEAŞ’ın eline geçti. Türkiye’nin Musul Başkonsolosluğu da, DEAŞ militanları tarafından işgal edildiğinde 49 personel rehin alındı. "49" filmi, Musul'da DEAŞ tarafından esir alınan 49 Türk vatandaşını kurtaran MİT mensuplarının gerçek hikayesini anlatıyor.