Uluslararası bir deniz altı gözlem programının parçası olan derin deniz sualtısı, soyunun çoktan tükenmiş olduğu düşünülen büyük bir yaratık tarafından saldırıya uğrar. Hasar gören denizaltı, mürettebatı içeride kapana kısılmış bir halde, Pasifik Okyanusunun en derin yerinde durmaktadır. Vizyoner Çin okyanus bilimcisi, kızı Suyinin gönülsüzlüğüne rağmen, mürettebatı kurtarması için uzman derin deniz kurtarma dalgıcı Jonas Taylorı tutar. Taylor sualtının çevresinde süzülen bu canavarla daha önce de karşılaşmıştır; tarih öncesinden kalan ve iki buçuk milyar yıl önce soyunun tükendiği zannedilen, 23 metrelik bir Megalodon.

Ölümden kurtarılan ve bir cyborg olarak dirilen Binbaşı Kusanagi, siber suçluları avlayan bir görev gücünün lideridir. Ancak bir hackerın çok daha büyük planları vardır.