Ölümü birçok kez aldatmış gibi hisseden ve hayatta kalan kamikaze pilotu Shikishima, Odo Adasında birçok savaş uçağı mühendisiyle birlikte devasa bir canavarın saldırısına uğrar. Shikishimanın, canavarın dikkatini dağıtmayı başaramaması nedeniyle mühendisler ölür ve bu yüzden ezici bir suçluluk duygusuna kapılır. Artık kişisel bir görevde olan Shikishima, Godzilla olarak bilinen canavarı nihayet alt edebilmek için büyük bir gazi grubuyla iş birliği yapar.