Geminin eski kaptanın, James T. Kirk artık Amiral olmuştur ve yeni bir görev için çağırılır. Amacı eski ekibi toplamak ve önüne gelen herşeyi yokeden devasa bir uzay gemisini dünyaya ulaşmadan durdurmaktır. Karşılarındaki inanılmaz güçlere sahip yaşam formları Mr. Spockın dahi zekasına durgunluk verecek güçtedir. Gerilim sadece uzayda değil, aynı zamanda geminin yeni komutakı Kirkü kabullenmekte güçlük çeken eski kaptan Williard Deckerin Atılganda bulunmasında da kendini belli eder. Sonunda gemi yenilmez düşman tarafından ele geçirilir ve dümenci Ilia rehin düşer. Geri döndüğünde Kaptan Kirke mesajı ulaştırır: Devasa gemi, yaratıcısıyla buluşmak istemektedir yoksa Dünya gezegeni yok edilecektir.