Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.

Matrixin oluşumundan sorumlu olan makineler Zion şehrinin yerini tespit etmişlerdir. Zion insanların elinde kalan tek şehirdir ve direnmekten başka şansı yoktur.

Matrix üçlemesinin bu son bölümünde Neo bir metro istasyonunda hapsolmuş olarak gözlerini açar. Matrix ile makinelerin dünyası arasında bir alanda sıkışıp kalmıştır.