Tıp eğitimini ve uzmanlığını tamamlayan genç psikiyatrist Mert Türker, Anadoluda bir şehrin dışında bulunan bir hastaneye atanır. Mert konum açısından ilginç bir noktada bulunduğu bu hastanede, hastaların ve içinde çalışan insanların da çeşitli tuhaflıklarını fark eder. Yine de ilk günler her şey normal seyrinde devam eder. İlk hastası Esat Bey olur ve onda diğer hastalarda görmediği birtakım ilginç davranışların olduğunu fark eder. Ancak en çok ilgisini çeken hasta, kimseyle, Mertle dahi iletişime girmeyi kabul etmeyen Muazzez Hanımdır. Mert bu hastayla iletişim kurmaya çabalarken hastaneye Elif adında genç bir hasta gelir. Elife konulan ilk teşhis histerik psikozdur, fakat hasta terapiler esnasında, kendine bir varlığın musallat olduğunu iddia etmeye başlar. Mert başta böyle bir olayın bilimsel olarak mümkün olmadığını savunsa da zamanla kendini beklenmedik bir durumun içerisinde bulacaktır.

Karanlık Madde, Aladağlar’da kendilerini beklenmedik olayların içinde bulan bir grubun yaşadıklarına odaklanıyor. Cin, şeytan, peri veya katil gibi öğeler kullanılmadan seyircilere korku dolu anlar yaşatan filmde, bir grubun yaşadıkları ya da yaşadıklarını düşündükleri olaylar ana kahraman Can’ın gözünden gözler önüne seriliyor.