Efsanevi Marvel Comics dizisine dayanan filmde, Peter Parker nihayet Mary Janee duyduğu tutku ile süper kahramanlık görevleri arasındaki dengeyi kurar. Ancak, ufukta belirmeye başlayan bir fırtına vardır. Peterın Örümcek Adam kostümü birden bire değişip siyaha dönüşerek güçlerini pekiştirmeye başlayınca, Peter da değişmeye başlar. Kostümün etkisi altındaki Peter, kibirli ve kendine aşırı güvenli biri olur; en değer verdiği kişileri ihmal etmeye başlar. Bugüne dek en korkulan iki kötü kahraman Kumadam ve Venom benzersiz güçler edinip, intikam ateşiyle yanarken, Peter en büyük savaşını kendi içinde yapmaktadır. Örümcek Adamın onu o yapan, onu bir kahraman yapan özelliğini, yani şefkati yeniden keşfetmesi gerekecektir.

Sevgilisi Mary Janeden ayrılan Peter ona gerçek kimliğini açıklayıp açıklamamak arasında kaldığı için oldukça zor bir dönem geçirmektedir. kararsızlık içine düştüğü bu esnada Mary Janein, patronun oğlu Johnla birlikte olmaya başlaması iyice canını sıkar. Bunlara, halasının mali sıkıntıları ve hayattaki tek dostu Harry Osborneun, babasının ölümünden kendisini sorumlu tuttuğu için Peterdan uzaklaşması onu depresyonun eşiğine getirmiştir. Bu esnada, yeni düşmanı Doktor Ahtapotun ortaya çıkmasıyla Peter Parkerın hayatı içinden çıkılmaz bir hal alacaktır.

Sıradan bir lise öğrencisi olan Peter Parkerın hayatı bir gün bir örümcek tarafından ısırılmasıyla tamamen değişir. Çünkü bu örümcek sıradan bir örümcek değildir, genetik olarak özelikle geliştirilmiş, bilimsel amaçlarla kullanılan bir denektir. Öte yandan olan olmuştur ve Parkerda tuhaf değişiklikler başgöstermektedir.