Leonard Shelby, pahalı takım elbiseler giyer, son model bir Jaguar kullanır; bunun yanında ucuz, tanınmamış motellerde konaklar ve ödemelerini hep nakit parayla gerçekleştirir. Başarılı bir iş adamı görüntüsündedir... Ancak Leonard'ın tek işi intikam almaktır; karısının ırzına geçip öldüren adamın peşindedir. Şüpheleri polis tarafından dikkate alınmayan Leonard'ın yaşamındaki tek mücadelesi, adalet arayışı uzerine kurulmuştur. Katili belirlemesinde ise büyük bir zorlukla karşı karşıyadır. Leonard'ın nadir görülen, tedavisi olmayan bir hafıza kaybı hastalığı vardır. "Kaza" oncesi olayları tüm ayrıntılarına kadar hatırlayabilen Leonard, 15 dakika önce ne olduğunu, ne yaptığını, nereye gittiğini ve neden gittiğini bilememektedir.

Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.

Matrixin oluşumundan sorumlu olan makineler Zion şehrinin yerini tespit etmişlerdir. Zion insanların elinde kalan tek şehirdir ve direnmekten başka şansı yoktur.

Matrix üçlemesinin bu son bölümünde Neo bir metro istasyonunda hapsolmuş olarak gözlerini açar. Matrix ile makinelerin dünyası arasında bir alanda sıkışıp kalmıştır.

Garip anılarla boğuşan Neo'nun hayatı, kendini yeniden Matrix'in içinde bulduğunda beklenmedik bir yola girer.Filmde, Thomas Anderson içinde bulunduğu gerçekliğin fiziksel mi yoksa yaratılmış bir kurgu mu olduğunu anlayabilmek için bir kez daha beyaz tavşanın peşinden gitmeyi seçer. "Seçim" hikayesinin geri kalanı için de sihiril sözcük olacaktır. Çünkü Thomas'ın yani Neo’nun bildiği bir şey varsa da o da Matrix bir kurgu da olsa ondan çıkmanın veya ona girmenin tek yolunun bu seçim olduğudur. Elbette, Neo zaten Matrix'te yeni değil ama Matrix her zamankinden daha güçlü ve daha tehlikeli.