Ay’ın Karanlık Yüzü filminin konusu insanoğlunun yaptığı bir hata sonrası dünyanın tarihinin en büyük savaşına tanık olması anlatılıyor. Ay’a yapılan yolculuk sonra ayda bulunan bir Decepticon’u canlandıran insanoğlu kendini yine Decepticonlar ile bir savaşın içinde bulur. Transformers serisinin her filminde Decepticonlar biraz daha güçlü olarak karşımıza çıkıyor. Buna karşı seri ilerledikçe de Optimus Prime’ın aslında ne kadar güçlü olduğu ortaya çıkıyor. Fakat serinin 3. filminde Decepticonlar insan hayalini zorlayacak düzeye çıkartılmış diyebiliriz.

Garip anılarla boğuşan Neo'nun hayatı, kendini yeniden Matrix'in içinde bulduğunda beklenmedik bir yola girer.Filmde, Thomas Anderson içinde bulunduğu gerçekliğin fiziksel mi yoksa yaratılmış bir kurgu mu olduğunu anlayabilmek için bir kez daha beyaz tavşanın peşinden gitmeyi seçer. "Seçim" hikayesinin geri kalanı için de sihiril sözcük olacaktır. Çünkü Thomas'ın yani Neo’nun bildiği bir şey varsa da o da Matrix bir kurgu da olsa ondan çıkmanın veya ona girmenin tek yolunun bu seçim olduğudur. Elbette, Neo zaten Matrix'te yeni değil ama Matrix her zamankinden daha güçlü ve daha tehlikeli.

Vücudunu paylaştığı Venom ile yaşamaya alışmaya çalışan Eddie Brock, artık eski hayatına geri dönmek ister. Venom tüm gününü kötü adamları döverek ve muazzam açlığını tatmin ederek geçirmek isterken, Eddie bir gazeteci olarak kariyerine yeniden başlamak için mücadele eder. Eddie, başarısız bir infazdan sonra hapishaneden kaçan seri katil Cletus Kasady ile röportaj yaparak kariyerini alevlendirmeyi planlar. Ancak onunla iletişime geçmesi Eddie'nin kendisini beklenmedik maceraların içinde bulmasına neden olur.