Lincoln Six Eco (Ewan McGregor) ve Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) görünüşe göre ütopik ama dışa kapalı bir tesiste yaşamaktadırlar.Dikkatle kontrol edilen bu ortamın tüm diğer sakinleri gibi, onlar da 'Ada' ya gönderilmek için seçilmeyi umutluyorlardır; söylentiye göre burası gezegendeki son kirletilmemiş bölgedir.Ama aslında kendilerinin birer klon olduklarını ve ölmeleri yaşamlarından daha değerli olduğunu keşfettiklerinde cüretkar bir kaçış planlarlar.Bilmedikleri bir ortamda, bir zamanlar yuvaları olan kurumun sinsi güçleri tarafından amansızca takip edilen Lincoln ve Jordan, Ada hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmak ve geride kalanları kurtarmak için hayatlarını riske atarlar.

Peter Parker gerçek ailesi tarafından terk edilmiş dayısı ve yengesinin büyüttüğü dahası sosyal hayatta zayıf karakterli, lise çağında bir gençtir. Her ergenin yaşadığı "ben kimim?, nereye aitim?" sorunları daha derin sormaktadır. Bir yandan da Gwen Stacy'ye kör kütük aşıktır. Bir gün babasına ait bir çanta bulan Parker, anne ve babasının ortadan kaybolmasının ardındaki sırları çözmeye karar verir. Karşısına Oscorp şirketi ve babasının eski ortağı olan Dr. Curt Connor’ın laboratuvarı çıkar. Artık hiçbir şey Peter Parker eskisi gibi olmayacaktır...