Aquaman’i ilk seferinde yenmeyi başaramayan Black Manta, babasının intikamını alma arzusuyla Aquaman’i sonsuza dek alt etme konusunda engel tanımayacaktır. Black Manta bu kez her zamankinden daha dişli bir düşmandır; elinde ise kötücül bir gücü açığa çıkaran efsanevi Black Trident vardır. Aquaman bu güçlü düşmanı yenmek için, Atlantis’in eski Kralı olan hapisteki kardeşi Orm ile ittifak kurar.

Sualtı Krallığı Atlantis’in kraliçesi Atlanna’nın bir deniz feneri gözcüsüne aşık olması sonucu dünyaya gelen Arthur Curry, yaşamını insanların içinde sürdürmektedir ve zaman içerisinde Atlantis’in tek gerçek varisi olduğunu öğrenir. Fakat Aquaman’in üvey kardeşi Prens Orm, doğum sırasına göre hakkı olmayan Atlantis tahtına göz dikmiştir. Arthur, annesinden kalan mirasa sahip çıkarak hem tahtın sahibi olmalı hem de kötülüklerle savaşmalıdır.

İki kardeş, ağır hasta olan annelerini tedavi ettirmek için gereken parayı bulmanın yolunu arar. Çaresiz kardeşler, parayı bulmak için bir banka soymaktan başka çare bulamaz. Bir soygun planı hazırlayan kardeşler, soygun sırasında işler ters gidince bir ambulansı çalmak zorunda kalır. Çok geçmeden kardeşler, çaldıkları ambulansın içinde ölmekte olan bir hastanın olduğunu fark eder.

Garip anılarla boğuşan Neo'nun hayatı, kendini yeniden Matrix'in içinde bulduğunda beklenmedik bir yola girer.Filmde, Thomas Anderson içinde bulunduğu gerçekliğin fiziksel mi yoksa yaratılmış bir kurgu mu olduğunu anlayabilmek için bir kez daha beyaz tavşanın peşinden gitmeyi seçer. "Seçim" hikayesinin geri kalanı için de sihiril sözcük olacaktır. Çünkü Thomas'ın yani Neo’nun bildiği bir şey varsa da o da Matrix bir kurgu da olsa ondan çıkmanın veya ona girmenin tek yolunun bu seçim olduğudur. Elbette, Neo zaten Matrix'te yeni değil ama Matrix her zamankinden daha güçlü ve daha tehlikeli.