Indy ve yakın dostu Mac, uzaklardaki bir hava meydanında Sovyet ajanlarıyla sıcak temastan güç belâ kurtulmayı başarmışlardır. Şehir dışına çıkan Indiana, genç Mutt ile tanışır. Mutt’a yardım ettiği takdirde büyü, batıl inanç ve korkunun efsanevi objesi olarak tanınan Akator’un Kristal Kafatası’nı ele geçirebilecektir.

Tarihin en ünlü maceracı arkeologu Indiana Jones’a babası Dr. Henry Jones tarafından bir günlük gönderilir. Bu günlüğün içerisinde gizemli Kutsal Kase’ye dair bazı ipuçları ve bir harita bulunmaktadır. Özel bir koleksiyoncudan babasının ortadan kaybolduğunu öğrenen Indiana Jones, müze kuruatörü Marcus Brody’i de yanına alarak İtalya’ya babasını aramaya gider. Burada kendilerini buldukları yer ise bir Nazi bölgesidir ve Naziler de Kutsal Kase’nin peşindedir. Babasını kurtarmaya giden Indiana’nın birincil hedefi Kutsal Kase’yi Nazilerden önce ele geçirmek olacaktır.

Şangay’da bir gece kulübündeki kargaşadan son anda kaçan Indiana Jones, yanında uzakdoğulu küçük yardımcısı ve istemeden kader birliği ettiği genç ve çekici şarkıcı Willie olduğu halde, kendisini Hindistan’da bulur. Maceraperest arkeolog, küçük bir köydeki çocukları kaçırarak madende çalıştıran ve zulüm eden Thuggee tarikatıyla karşı karşıya gelir. Kana susamış bu şeytani tarikatın hedefi, yüz yıl önce İngiliz sömürgeciler tarafından yasaklanan korkunç eylemlerine devam etmek için madenlerde kaybolmuş olan kutsal elmasları bulmaktır.

Amerikan Hükümeti Ark of the Conenant’ı bulması için Arkeolog Dr. Indiana Jonesu görevlendirir. Ark’ta ünlü 10 Emir’in varolduğuna ve kutsal güçler olduğuna inanılmaktadır. Üstelik Hitler’in ajanları da Ark’ın peşindedirler. Jones, eski aşkı Marion’la birlikte Nepal’den Kahire’ye kadar tuzak ve tehlikeyle dolu bir maceraya atılır.

Steven Spielbergin kendi çocukluğundan izler taşıyan bu film, II. Dünya Savaşı sonrasında, Arizonada mütevazı bir ailede büyüyen Sammy Fabelmanın, sinemanın büyüsüyle aile içerisinde yaşanan gelgitlerin üstesinden gelmeye çalışmasını konu ediniyor.

Isa Sorna adı verilen bir adada bazı dinazorlar hayatta kalmıştır.Site B kod adlı dinazor üretim tesisinin yer aldığı bu adada çıkan kasırga sonucunda tesisler yıkılmış ve dinazorlar serbest kalmıştır.Aradan geçen dört yıl içinde dinazorlar büyümüş ve birer canavar haline gelmişlerdir.Dinazorların hala hayatta olduğunu öğrenen tesisin kurucusu Milyarder John Hammond,site Bdeki ticari potansiyelin farkındadır.Hammondın amacı dinazorları doğal çevrelerinde koruyarak dört yıl önce kaybettiği itibarını geri kazanmaktır.İlk filmde olduğu gibi yine yazar Michael Crichtonın aynı adlı romanından Akademi ödüllü,dahi yönetmen Steven Spielberg tarafından sinemaya uyarlanan ve muhteşem özel efektlerle süslü nefes kesen bir gerilim/macera.

Mağaralarda yapılan kazı çalışmaları sonucunda dinazorların yaşadığı tarih öncesi çağa ait bazı sivrisinek fosilleri bulunur.Milyarder John Hammond öncülüğündeki bilimadamları,son derece ilginç ve karmaşık testler deneyerek bu sivrisinek fosillerindeki kan örneklerini almayı başarırlar.Dinazorların DNA zinciri bir Afrika kurbasıyla birleştirilerek 65 milyon yıl önce yaşamış bu korkunç yaratıklar yeniden yaratılır.Hammond hükümetten kiraladığı bir adada klonladıkları bu vahşi hayvanlar için elektrikli tellerle çevrili bir hayvanat bahçesi kurmuştur.İhtiyar Hammond,bir hafta sonunda Doktor Allen gibi bazı işinde uzman bilimadamlarını Jurassic Park adını verdiği bu hayvanat bahçesini test ettirmek için adaya getirir. Ancak embiryolarını ele geçirmek isteyen biri, güvenlik sistemini devre dışı bırakınca serbest kalan dinazorlar adada dehşet saçmaya başlar...